Los desastres Naturales, como terremotos, deshielos y tormentas han acabado con casi toda la vida en Zi. A pesar de todo esto la vida se abre paso y comienza la repoblación del planeta por parte de los humanos y con la ayuda de los Zoids.

En una villa costera, Ruji, un niño que sueña con tener su propio Zoids, tiene la suerte de encontrar uno en el fondo del mar, con la ayuda de la su padre y la gente de la villa donde vive, lo sacan a flote.

En la villa donde vive Ruji existen características que recuerdan mucho a un juego llamado Golden Sun, en fin, en la villa hay un árbol gigante, que es el que soporta la vida de los bosques circundantes y una espada enorme enterrada que es venerada por los aldeanos, esta problemática es presentada y tiene significación con el transcurso de la serie..

La tranquilidad de la villa se ve alterada por la aparición de una extraña horda de Zoids del tipo Bio-mecánicos conocidos como Bio-Raptores, estos comienzan un ataque en la villa, con la ayuda del nuevo Zoid (Murasame Liger) Ruji enfrenta a los enemigos, pero cuando la situación se pone en su contra, la Espada enterrada se equipa a su Zoids como su mejor arma de manera sorprendente y hace frente a los agresores, a los cuales derrota.

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Son 50